十六大通过的新党章在保持党章整体框架不变的前提下，坚持遵循“以马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论和党的基本路线为指导，认真贯彻“三个代表”重要思想，把江泽民同志十六大报告中确立的重大理论观点和方针政策纳入党章，以适应新形势新任务对党的工作和党的建设提出的新要求”的总原则，对一些内容做了适当修改或补充完善，具体归纳为以下几点：
一、 新党章贯彻了“三个代表”重要思想。
1、 把“三个代表”重要思想写进党章，这是加强和改进党的建设、不断提高党的领导水平和执政水平的根本要求，是继续推进中国特色社会主义伟大事业的客观需要，也是全党同志共同愿望。
2、党章总纲部分，增加了关于党的十三届四中全会以来历史进程的表述，阐述了“三个代表”重要思想的历史地位和重要作用。这次党章修改，对总纲第二段、第十九段做了补充，增写了第六段，充分肯定了十三届四中全会以来的十三年党的工作和党的建设取得的成就，阐述了“三个代表”重要思想形成的实践基础和理论渊源。总纲部分高度评价了“三个代表”的历史地位和重要作用。
3、 党章条文部分，在第三条关于党员必须履行的义务中，增加了认真学习“三个代表”重要思想的内容能够；在第三十一条关于党的基层组织的基本任务中，增加了组织党员认真学习“三个代表”重要思想的内容；在第三十四条关于党的各级领导干部必须具备的基本条件中，增加了认真实践“三个代表”重要思想的内容。
二、新党章对党的性质做了进一步的阐述。
中国共产党是中国工人阶级的先锋队，同时也是中国人民和中华民族的先锋队，是中国特色社会主义事业的领导核心，代表中国先进生产力的发展要求，代表中国先进文化的前进方向，代表中国最广大人民的根本利益。党的最高理想和最终目标是实现共产主义。
三、新党章结合中国实际对马克思列宁主义关于人类社会发展规律的表述做了新的概括。
党章修正案对总纲第三段的内容做了改写，把侧重点放到了中国共产党始终坚持马克思列宁主义的基本原理和党的最高纲领，同时始终坚持把马克思列宁主义的基本原理同中国的实际相结合，带领全国各族人民满怀信心地走自己的路，建设中国特色社会主义。
四、新党章总纲中对我国新世纪新阶段经济和社会发展的战略目标和指导原则增加了新内容。
1、 确立了本世纪头二十年全面建设小康社会的奋斗目标。总纲第七段指出，发展是我们党执政兴国的第一要务。
2、 增写了我国社会主义初级阶段的基本经济制度和经济建设方面的内容。在总纲第九段，增写了实施科教兴国战略和可持续发展战略的内容。在总纲第十一段，增写了坚持改革开放是我们的强国之路，要坚持和完善社会主义市场经济体制的内容。
3、 增写了依法治国，建设社会主义法治国家的内容。总纲第十二段增写了发展社会主义民主政治，建设社会主义政治文明；明确了党的领导、人民当家作主和依法治国的统一性，强调要坚持这三者的有机结合和辨证统一，不断把社会主义民主政治建设推向前进这一内容。
4、 在总纲第十三段增写了中国共产党领导人民在建设物质文明、政治文明的同时，努力建设社会主义精神文明，实行依法治国与以德治国相结合的内容。
五、新党章对党的建设和党的领导提出了新要求。
1、 在党章总纲关于党的建设的基本目标和四项基本要求中增加了新的内容，明确规定，必须紧密围绕党的基本路线加强和改进党的建设；坚持党要管党、从严治党、不断提高党的领导水平和执政水平，提高拒腐防变和抵御风险的能力，不断增强党的阶级基础和扩大党的群众基础，不断提高党的创造力、凝聚力、战斗力，使我们党始终走在时代前列；全党要用邓小平理论、“三个代表”重要思想和党的基本路线统一思想，统一行动，并且毫不动摇地长期坚持下去；全党必须坚持解放思想、实事求是、与时俱进，依据党的思想路线，积极探索，大胆试验，开拓创新；我们党的最大政治优势是密切联系群众，党执政后的最大危险是脱离群众；加强对党的领导机关和党员领导干部的监督，不断完善党内监督制度。
2、 在对党的领导的基本要求中，增加了党必须按照总揽全局、协调各方的原则。对第二章党的组织制度第十条第五项的规定做了补充和完善，明确提出凡属重大问题都要按照集体领导、民主集中、个别酝酿、会议决定的原则，由党的委员会集体讨论，做出决定。
3、在第九章第四十六条中增加了党组发挥领导核心作用的规定，在党组的任务中增加了做好干部管理工作的内容。在第四十七条中，将“党组的成员，由批准成立党组的党的委员会指定”，“党组必须服从党组的党组织决定”，“党组必须服从批准它成立的党组织领导”。
六、新党章对党员队伍和干部队伍建设提出了新要求。
1、新党章第一章第一条对关于申请入党对象的规定做了适当修改，表述为：“年满十八岁的中国工人、农民、军人、知识分子和其他社会阶层的先进分子，承认党的纲领和章程，愿意参加党的一个组织并在其中积极工作、执行党的决议和按期交纳党费的，可以申请加入中国共产党”。在第一章第三条第一项、第四项中明确把认真学习马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想，模范遵守国家的法律法规，纳入党员必须履行的义务。
2、 在第六章第三十四条党的各级领导干部必须具备的基本条件中，明确规定要认真时间“三个代表”重要思想，坚持讲学习、讲政治、讲正气，经得起各种风浪的考验，具有共产主义远大理想和中国特色社会主义坚定信念，解放思想，与时俱进，开拓创新，卓有成效地开展工作，坚持依法办事，做到自重、自省、自警、自励。
七、新党章对党的基层组织的有关规定做了补充和修改。
1、 在第二十九条中，增写了在社区、社会团体、社会中介组织中成立党的基层组织的内容。
2、在第三十条中，将党的基层委员会每届任期三年或四年改为三年至五年。
3、 在第三十一条第六项中，将“重视吸收在生产和工作第一线的工人、农民、知识分子中的优秀分子入党”，改为“重视生产、工作第一线和青年中发展党员”。
4、 在第三十二条中，将村党支部改为村党组织，并相应增加了社区居委会党组织。
5、 在第三十二条中，将“全民所有制企业中党的基层组织”改为“国有企业和集体企业中党的基层组织”。
6、在第三十二条中，还增加了非公有制经济组织中党的基层组织主要任务的规定。
八、新党章对党的纪律检查机关的职责和任务做了补充规定。
党章在第八章第四十四条关于党的各级纪律检查委员会的主要任务的规定中，增加了协助党委组织协调反腐败工作的内容，以便同在实际工作中形成的党委统一领导、党政齐抓共管、纪委组织协调、部门各负其责、依靠群众的支持和参与的反腐败领导体制和工作机制相一致。在党的纪律检查机关的经常性工作的规定中，增加了对党员领导干部行使权力进行监督和保障党员权利的内容。
九、新党章对中国共产主义青年团的性质做了进一步的表述。
在第十章第四十九条中，将共青团“是广大青年在实践中学习共产主义的学校”，改为“是广大青年在实践中学习中国特色社会主义和共产主义的学校”。
十、新党章增写了党徽党旗一章。
十六大通过的新党章内容增写了“党徽党章”一章，作为第十一章。具体分为三条：第五十一条规定，中国共产党党徽为镰刀和锤头组成的图案。第五十二条规定，中国共产党党旗为旗面缀有金黄色党徽图案的红旗。第五十三条规定，中国共产党的党徽党旗是中国共产党的象征和标志。
