现代自然科学研究在我国起步甚晚，1915年，一批年轻学者倡议成立中国科学社，发行《科学》杂志，是在这片土地上自主从事现代自然科学研究的开端。20世纪20年代，中华医学会的一些学术刊物问世。1928和1929年，先后成立了国家级的中央研究院和北平研究院。1935年，国民党政府通过、建立了博士学位制度，但从未实行。
起步甚晚的自然科学研究工作又受到急功近利、科技混谈的政策影响，多次在似曾相识的压力下挣扎。其实，不同时期政策要求的相似性，跨越了意识形态和政权更迭的差异，反映了历史文化传统的沉重束缚。
1953年朝鲜停战之后，中国第一次有可能在较稳定的环境中全力从事经济建设，当时工业部门的研究力量几乎等于零，中国科学院的许多研究所为工业部门解决过大量实际问题，以物理研究所（50年代初曾经称为应用物理研究所）为例，它承担过的任务包括：为黑龙江阿城仪表厂解决铝镍钴永磁合金浇铸余料的再利用问题，为鞍山钢铁公司解决延长耐火材料寿命问题，为建筑部门研究加速水泥凝固的方法，为飞机制造工业研究铝合金相图，为电机业研制单取向和双取向硅钢片等等，这些工作多数都没有总结成学术论文，留下来的完整记录很少。前辈理论物理学家彭桓武为冶金提出的连续轧钢中的钢锭冷却速度，专门解决了一个热传导问题。这篇文章30多年以后才发表在庆祝周培源先生80寿辰的文集中，可算是一个特例。总之，当时科学工作者们投身思想改造和经济建设，并没有十分强调自然科学基础研究的意义。1956年制定的12年科学技术发展规划，也没有把基础研究置于特别地位。这是符合当时的国情、国力的。
周恩来在1956年1月的知识分子工作会议上说：“在过去几年中间，我国的各种工作都在开始，我们在目前需要和技术工作方面多投一些力量，而对于长远需要和理论工作方面注意得比较少，这是难免的，也是可以理解的。但是到了现在，如果我们还不及时地加强对于长远需要和理论工作的注意，那么，我们就要犯很大的错误。没有一定的理论科学的研究作基础，技术上就不可能有根本性质的进步和革新。但是理论力量的生长，总是要比技术力量的生长慢一些，而理论工作的效果一般也是间接的，不容易一下就看出来。正因为这样，有许多同志现在还有一种近视的倾向，他们不肯在科学研究方面拿出必要的力量，并且经常要求科学家给他们解决比较简单的技术应用和生产操作方面的问题。当然，理论决不可脱离实际，但是目前的主要倾向，却是对于理论研究的忽视。”周恩来曾是何等清醒啊！然而，此后46年间，近视的倾向、简单的要求，何曾稍减。从积极的方面回顾，三年大跃进（1957～1960年）中发生的许多事情，在外国人和后人看来，近乎荒唐，却也反映着我们对于工业化、现代化的强烈愿望。毕竟中国科学院的规模是在那些年代奠定的，电子学、半导体、自动化、计算机的发展是从那时开始的。
到20世纪60年代中期，经历了支持经济建设和国防建设的我国自然科学，确实到了应当作加大纵深的战备调整的时刻。然而，十年“文化大革命”（1966～1976年）不仅耽误了时机，还对本来就很薄弱的自然科学基础研究进行了全面冲击。看一看这后面的“社会舆论”，是颇富教益的。我国理论物理研究在“文革”期间的经历，正好用以典型地说明传统的理论实践观的作用。理论物理研究可以粗略地划分为四个领域，粒子和场、原子核理论、凝聚态和统计物理、天体和引力。粒子物理研究由于毛泽东主席1964年同坂田昌一谈话中所表现的重视以及与“一分为二”哲学命题的关系，得以保存队伍，并以70年代初杨振宁、李政道相继访华和1973年高能物理代表团访美为契机，有所复苏。核物理因为有国际背景和“核参数”任务的要求，基本维持原状，还得以在“工农兵大学生”中要求一定的培养数目。凝聚态和统计物理是四个领域中最接近实际的，却从哈尔滨到广州，全部解散改行。正是因为接近实际，自认为有发言权的批评家也多。中国科学院军代表向越南科委主任介绍物理所情况时说，“从前有一个理论研究室，理论脱离实际的典型，解散了！”与此成为鲜明对照，最为“好高骛远”、“不食人间烟火”的天体和引力理论，在此期间有所壮大。那原因却也是理论联系实际。我国一些优秀的数学家转入这一领域，对“军宣队”这是联系物理实际，他们仍然可以作一点现代微分几何，同时训练了一些年轻人。工厂技术员到车间当工人，实验物理工作者下厂做技术员，理论物理人员去做实验，数学家来搞理论物理。这发生在“弯曲时空”中的“平移”，使许多人联系了“实际”。
我国目前经济繁荣的背后，存在着不少深层次的问题，其中一部分就涉及到自然科学基础研究。完成人类基因组1%和水稻全基因组的测序，确是值得称道的成绩；同时也要清醒地看到，所用的自动测序机器全系舶来，还不必提及所用原理。研制出每秒万亿次以上浮点运算的大型并行处理系统，当然是重大科研成果；然而，也不要忘记关键芯片仍靠进口。技术引进，可以加速起步；然而，邯郸学步、履人后尘，总难以真正技超群雄，“领导世界新潮流”。只有浓厚、广泛而持续的基础研究才能孕育出异军突起的技术革命，建立起自己的支柱产业。像中国这样的大国，更不能靠别人的基础研究来实现自己的技术创新。
“基础研究要有国家目标”是堂皇而正确的提法，问题在于由谁来规定这个“国家目标”。一位年轻的管理干部曾对我说，你现在从事理论生命科学研究就是符合“国家目标”的。他不知道，我早在1985年在非线性科学和复杂性问题中干得正欢时，参加了中国科学院生物学部关于生物学发展战略的常委扩大会，此后就开始思考和准备向更为非线性、更为复杂的生命系统作战备进军。从1991年以来，我所在的研究组就不断学习生物学基本知识，全力以赴做生物问题，现在其实还没有入门。怎么能做到一旦“国家目标”下达，三年之内就出成果呢？
“管理出效益”是搬到自然科学基础研究领域的另一种错误概念。生产企业、工程项目、技术攻关，理应加强管理。而不恰当的“管理”，正在妨碍我国自然科学基础研究的根本进步。应当撤销一批管理和评估机构，解放生产力。特别要让大批年轻有为的学者“沉”下去做事，而不是“浮”起来当“官”，去妨碍别人安心钻研。
科学管理部门忙于改组机构、评议课题，却很少对科学研究的支撑体系下功夫。仅以中国科学院图书馆为例，它的读者范围远远超出基础研究。1980年订阅原版期刊5377种，买原版书7245种。到1991年，原版期刊数量砍到1277种，购入原版书降到642种，几年间期刊平均订阅价上涨8.6倍，平均书价上涨14.4倍，而该馆图书经费只增加了82%。多少高等学校图书馆停书保刊，还越保越少。我国加入世界贸易组织，影印书刊全面停止，究竟增加了多少图书拨款以兹补偿？有些领导强调国际互联网上有大量在线期刊资料，却不提大多数有用信息乃有偿服务。全球同行中，很少有人像不少中国教授那样，不敢放手让学生上网，就是因为计算机网络收费不在高处统一解决，而是往下层层加码。学界多次呼吁，陋规至今未改。
目前广泛存在于学术界中的浮躁情绪、泡沫科学乃至学术风气问题，在相当程度上是由急功近利的政策所引发的。一些管理科学技术事业的负责人士，总希望在自己的任期之内见到成绩；掌管经济预算的部门要听见金元宝落水的“响声”。自然科学基础研究要有队伍、有物质条件，还要有时间积累，才能“于无声处听惊雷”。共和国成立50多年了，从生孩子、抓教育做起，足以培育出两三代基础研究人才。提法不断更新，实质上总不敢在基础研究领域旗帜鲜明地放开步伐的科学政策，已经使我们浪费了太多的时间。
还应当指出，我国自然科学基础研究的许多方面，还未能摆脱一种半殖民地的心理状态。某些已经作了大教授的人士，开口闭口“我的老板”如何如何；还没有跳出原来所学课题，却学会了美国“老板”作风，经费多了花钱雇人为自己出文章。有些研究情况对内保密、对外开放，国内同行只能偶尔从国外访问者中了解一二。许多课题论证实际上也是引用外国已有的论据和“权威”言论。
我国在SCI收录的论文总数世界排名，已经由1995年的第十五位上升到2000年的第八位。然而，这里面有多少高影响力的文章呢？2000年，发布SCI的美国科学信息研究所做了一项统计。它把1981年到1998年发表的论文分为22个领域，每个领域内部比较，用计算机挑选出200篇“高影响论文”。扣除重复后，总计有76998篇文章入围。这些文章中213篇至少有一个作者的工作单位在中国大陆，占0.27%，即不到千分之三。有47篇论文的全部作者的工作单位都在中国大陆，占0.061%，即略高于万分之六。这些数字同论文总数呈尖锐对照。其实，大量发表低质量的论文乃是人力和物力的浪费，却给某些科技界领导带来良好的自我感觉。
现在各方面都在强调“原始创新”。原始创新从哪里来？科学家同工人、农民一样，每天都要老老实实地劳动。没有持续不断的刻苦钻研，何来创新灵感？从1960到1980年，我们曾一直强调要保证科技人员每周要有六分之五的业务时间。那是针对过多的政治运动和体力劳动。现在应当在新的意义下再次强调“六分之五”，把科学工作者从论证、检查、评估、考核等无休无止的非科学浩劫中解脱出来。我们这个国家，如果少一些不作研究的“研究员”，不讲课的“教授”，不从事科学的科学院“院士”，少一些把学生交给“保姆”而自己实际上不予过问的“博士生导师”，则科学幸甚！
科学和技术不是一回事。只抓技术，不促科学，是竭泽而渔。从科学到技术，从基础到应用，中间需要多少次接力、传递、反馈，有大量的中间环节。应用研究确实是我国目前情况下最需要大量人去做的事情。它决不可能由一个人、一个单位去“一竿子插到底”。只有重视和保护相对少数的基础研究，才能使从事基础到应用到产品的广大中间地带研究和开发的人们，专心致志地工作。几十年来的经验一再说明，凡是过分强调应用、冲击基础的时期（而这样的时期太多了）、首当其冲的正是最需要人的中间地带，而并不完全是纯基础研究。多数人转去谋求经济效益，少数人撤到更为基础的领域、或者滞留国外，最需要人的中间地带反而成为无人缺人地段，这是我们从建国以来的多次反复中总结出来的重要教训，希望在新的世纪，能做得好一些。
