一、高效学科建设经费在使用中存在的矛盾
（一）政府的需求与高校的发展不拟合
政府的财政资金的划拨通常是为了解决本区域内经济建设与社会发展的各种问题。通过以各种专项资金下拨的形式给各个高校及各类科研院所将资源投入对应的学科。同时，高校为了实现自身综合性大学的发展目标，对各重点学科名额争取非常激烈。原本政府与高校间的不同需求正好可以达到一种双赢的状态，但是这种状态会带来两方面的问题。一是高校得到学科建设经费后，拿出的与专项拨款向匹配的那部分资金，可能与高校规划的发展学科建设有所违背。二是政府为解决地区发展问题，拿出的专项资金要达到的目的比较偏重于实际操作，可能与高校的学术取向有所背离。以上这种情况的出现打破了双赢，导致了政府需求与高校的发展不能和谐共进的局面。一方面，对高校而言，在学科建设中目标分散，不得不考虑政府的需求，使得学科建设偏离学术轨道；另一方面，对政府而言，下拨的学科专项资金未必能用资尽其用，解决现实问题。
（二）资金管理与资金的使用存在矛盾
学科建设经费的管理与使用在项目实施中，涉及学院（项目组）、项目管理部门、财务部门等多个部门。学院（项目组）、项目管理部门对学科建设经费的管理相对比较松散，只要与科研项目相关的资金使用都会同意。财务部门对学科建设经费的报销主要是依据相关文件对经费开支范围的审核和对报销程序合理化的审核。整个科研经费管理过程中由于牵涉到多个不同部门，部门与部门间的数据并没有得到即时传输，信息并没有做到即时共享，经费的管理及使用比较混乱。这种离散的管理既不能达到省里对学科经费分配进一步细化的要求，也不猛满足经费使用部门及经费使用者对经费使用情况的详细掌握。
（三）资金的考核与资源浪费的问题
1.江西省重点学科的建设资金主要用途。①仪器设备的购置、运行、保养、维护、更新等。②购置期刊、图书资料。③队伍培训、进修及人才引进。④研究生教育、教学改革及教材建设。⑤自选科研课题研究及研究成果的发表、学术交流。⑥其他相关费用。”《江西省高等学校重点学科暂行办法》第二十条规定仪器设备和图书资料购置费的比例：理工医农类为70%以上，人文社会科学和基础理论类50%以上。”这些明文规定没有照顾到学科间的差异性和各学科的特殊性。以人文社科类重点学科为例，对于进行各类实践、调研、学术交流等的经费需求较大，而对于购置仪器设备和图书资料购置费的比例相对较少。但在现行的重点学科专项管理的要求下50%以上的经费支出要用于仪器设备和图书资料的购置。对于以上管理规定常常出现，人文社会科学和基础理论类重点学科为了达到专项资金规定，不得不通过配置大量设备和仪器使用科研经费。
2.理工医农类重点学科建设经费使用过程中，也存在资源没有得到合理调配，有效利用的情况。学院和学校尚未做到对大型试验设备、图书资料等固定资产统一管理调配，使得上述固定资产出现大量设备空置率；报销方便以及课题间信息互通较少的情况时有发生，使某些公共实验室或仪器设备本可以放在实验平台由全校共享但往往课题间都单独申报购置，致使重复购置和不能共享现象严重，结题后设备闲置率高，难以做到固定资产的合理配置与资源共享。
二、对策建议
（一）专项的设立与申报应与政府与高校的长期发展
1.政府应当树立整体的全局观念，制定出符合地区发展与高校发展相匹配的专项规划。通过科学合理的减少重复专项的申报名目，使专项经费花在刀刃上。
2.高校也应该避免为申报专项而申报专项，而忽略结合自身发展需要和资源现状的现实情况。盲目追求数量而不注重“质量”的申报，不仅对资源是一种极大的浪费，对确实符合政府要求的其他高校的在名额上的挤兑也是一种伤害。
3.充分赋予高校自由自主的资金使用权，将专项资金的监管权下放给高校，并实行有奖有罚的激励机制。在确保资金宏观管理大的方向正确的基础上，尊重各专项的特殊性，发挥专项资金的灵活性.首先，对审批中的专项资金即时关注，对未能通过审核的预算资金项目，高校应与相关部门即时联系，对不规范的部分予以调整；对已经通过的审核的预算资金项目，提早做好资金预算的计划方案。其次，对使用中的专项资金适时抽查。对不符合预算方案的开支予以削减，情节严的取消其再次申请专项的资格；对于完成的好的专项目标且资金有结余的专项，可以将结余资金按一定比例抽取部分奖励给项目成员。
（二）继续推进财务信息化建设
一是进一步完善预算申报系统，强化预算审核与分析，提高预算编制质量。加强学科项目经费的使用监管，对不合规的情况能及时督促并改进。
二是在完善财务查询系统的基础上，逐步建立项目管理系统，实现项目相关部门与项目相关人员能够随时掌握经费的使用情况，以及项目预算的执行情况，升级的财务软件，不但要实现经费预算与各研究方向、各项目的经费额度和计划支出时间的挂钩，而且要在经费指标控制和执行进度上做到预警提示，及时通知相关人员经费使用情况，避免了资金因未能按期使用被收回的风险。
三是逐步推进财务系统与科研系统和资产管理系统的对接，实现系统之间互联互通、数据共享。实现项目经费的全过程监控与管理.升级学科项目经费管理数据库，利用程序与网络等信息化手段实现财务系?y与校园网平台数据的衔接。对于资产设备尤其是大型仪器设备的购置、维修与维护，建立以学校为主体，由学校统一管理的体系。充分发挥资源共享的优势，杜绝设备购置的无序性和重复性，提高学科项目经费购置的资产设备的使用率。
