运行机制是指影响人类社会有规律运动的各构成要素之间相互联系和作用的关系及其功能。台湾“大学法”（2007年1月修订）规定：台湾教育主管部门负责高等教育的评鉴工作，组成评鉴委员会或委托相关学术团体或专业评鉴机构定期实施具体评鉴方案，自我评价则由各高等院校自行开展。因此，可将台湾高等教育评鉴的运行机制概括为：“法律”规范、行政主导、机构执行、社会参与、高校自评。
（一）“法律”规范
所讲的台湾高等教育评鉴的法律依据要追溯到1994年台湾修订的“大学法”，其第四条第三款规定：各大学之发展方向及重点，由各校依据台湾地区发展需要及学校特色自行规划，报经教育主管部门“核备后实施”，并由教育主管部门“评鉴之”。1999年，台湾教育基本法中又指出，台湾当局及民间应加强教育研究及评鉴工作以提升教育质量。2000年，台湾教育主管部门公布“技专校院评鉴实施原则”，该原则在2004年被废止，取而代之的是“技专校院评鉴访视实施原则”。2007年1月，“大学评鉴办法”出台，具体规定了评鉴主体、评鉴类型、评鉴周期、免受评鉴的条件及评鉴结果的应用等，这一评鉴办法的实施，构建了台湾高等教育评鉴的基本框架。这些所谓的“法律条文”的颁布将台湾高等教育评鉴工作逐步推向了“法制化”道路，使得台湾地区的高等教育评鉴工作“有法可依”、规范有序，是台湾地区“依法”建立高等教育评鉴制度的有力探索。
（二）行政主导
在1992年以前，台湾教育主管部门直接负责对高等教育的评鉴工作，从制定计划到组织专家评委会，都是亲力亲为，始终处于权责的中心位置，1992年以后，教育主管部门不再直接开展评鉴工作，而是委托“中国机械工程学会”、评鉴中心等第三方评鉴组织承担高校评鉴工作。
台湾教育主管部门职能发生变化是自2005年评鉴中心成立以后，它更多的承担“行政监督”和“行政委托”的职能，合理有效地规划大学评鉴事务，如搜集分析岛外大学评鉴的相关信息，协助大学申请各类学门“国际认证”，建立台湾地区大学评鉴人员的数据库。
尽管存在第三方评鉴中心，但这些学术团体的权力仍是地区政府赋予的，事实上，台湾地区的教育主管部门依旧是该制度的核心主体，高等教育评鉴的最高权力仍然属于台湾政府，与国外社会中的第三方评估机制是完全不同的。
（三）机构执行
在台湾教育主管部门的主导管理下，由评鉴中心负责具体实施台湾高等教育评鉴工作。评鉴中心根据教育主管部门的要求，自主设计并规划评鉴方略，受教育主管部门的监督。第一轮的评鉴已完成，目前正开展第二轮评鉴。每年，评鉴中心的工作流程一般分为三大步骤，首先在年初向教育主管部门提出“评鉴实施计划”，其中包括评鉴目的、评鉴对象、评鉴内容与标准等，教育主管部门对中心的年度计划进行审核，提出修正建议；然后进行评鉴前的准备工作：1.召开学校说明会，作动员部署；2.高校进行自我评鉴，填报自我评鉴数据表；3.成立当年的评鉴委员会；随后就进行访评专家入校实地考察；最后，专门人员负责搜集考察数据并撰写访评报告书，在经初审小组和审议委员会认可后形成最终的评鉴结果报教育主管部门备案并通知被评鉴学校。当然，在“实地访评报告书初稿”形成后，和“审议委员会”认可后，被评鉴系所有两次反馈和申诉机会，可以对评鉴结果提出意见，分别由参评委员和申诉委员会作出回复和说明。
（四）社会参与
台湾高等教育评鉴运行机制中的社会参与包含2方面的内容：其一是指“台湾评鉴协会”等社会团体参与评鉴工作；其二是指台湾媒体通过报道参与评鉴。
台湾评鉴协会的评鉴权力是教育主管部门或“高等教育评鉴中心”赋予的，这种权力不是行政直接委托，而是通过台湾地区政府的公开招标方式获得的，为了增强评鉴的公信力，只要有过评鉴经验，无论是个人还是团体都有权进行招标，进而充分调动各种社会力量参与评鉴，给评鉴结果的公正性、公平性提供保障。
社会的全面参与还体现在大众媒体的传播上，各大媒体不仅报道和刊发评鉴的理论和观点，还支持报道专业人士对评鉴结果的不同认识和看法，在一定程度上促进了评鉴程序、评鉴体系、评鉴结果的公开，保证了评鉴工作的健康持续发展。
（五）学校自评
毫无疑问，各大高校无不十分重视评鉴工作，因为评鉴的结果不仅直接关乎学校的声誉，还是高校获得政府教育经费的主要参考标准，更是高校对办学效果的自我检验。所以，高校必须严格洞察自身的办学形势，一方面要全面了解评鉴的意义、目的及流程，动员全校师生积极参与评鉴，成立以校长为首的自评小组，合理分工、全面规划，搜集并重组汇报材料等；另一方面，要做好学校绩效的良好“呈现”工作，布置合宜的会场，规划流畅的参观路线，完整全面地记录委员意见等，使评鉴工作不流于形式，努力取得良好的评鉴效果，切实提高高等教育的办学成效。
