随着高等院校、科研院所的进一步深化改革，许多综合性高校逐步完成了由单纯教学型大学向教学科研并重型大学的转化过程，大部分科研院所也进一步转向产业化经营，高校及科研院所等科研机构向社会提供技术转让、技术服务的项目和金额迅速增多。高校积极利用自身的科技资源优势，通过科技成果转化与产业化的方式，取得了良好的经济效益和社会效益。同时也促进了学校教学、科研、学科建设以及高新技术产业的发展，形成了相互促进、协调发展的良性格局。
高等院校的科研项目按其经费来源可以分为两类，纵向科研课题和横向科研课题。纵向课题的经费来源于国家部委或相关基金的无偿资助，例如国家教育部、科技部等政府机构资助和国家自然科学基金委员会资助的科研项目等（如国家863项目，973项目等）；横向课题的经费来源于为企事业单位提供有偿的技术服务。例如为某企业进行技术改造或为某事业单位提供软件开发等等。横向课题的技术服务又可以根据其服务性质分为：技术开发、技术转让和与之相关的技术咨询和技术服务四类，俗称“四技”或“两技带两技”。根据国家现行的税收政策规定，纵向课题是免交纳营业税的，而横向课题只有在办理有关手续后才能免交纳营业税及其附加税。
为了加强技术创新、发展高科技、促进科技成果转化与实现产业化，提高我国的核心竞争力及综合国力，国家多次就技术开发、技术创新领域出台了一系列税收优惠政策。其中针对营业税，财政部和国家税务总局具体颁布了关于技术开发技术转让有关营业税的优惠政策，该政策规定对于技术开发和技术转让合同收入，在取得各级政府技术主管部门的技术市场管理机构出具的技术合同认定登记证明后，向主管税务机关提出申请并取得审核批准后可以免征营业税及其附加税，对于技术咨询和技术服务则不享受免税优惠。该规定在《财政部 国家税务总局关于技术开发技术转让有关营业税问题的批复》财税[2005]39号中又进一步明确，免征营业税的技术开发和技术转让业务指自然科学领域的技术开发和技术转让，社会科学领域的技术开发和技术转让是不享受免税优惠的。
经过十多年不断的发展证明，这些优惠政策的实施，较大程度上推动了高校科研院所的科学技术向生产力的转化，促进了国家科技产业化实施。为提高我国的科技竞争力和国家综合实力起了较大的推动作用和很好的导向作用。
一、各地对于技术创新营业税优惠政策的执行方法
营业税属于地方税税种，对于以上关于技术开发和技术转让的优惠政策各地有具体的执行方法和操作程序。笔者选择了高等院校比较集中的北京、西安、武汉三地进行了调查比较，以期更具代表性。
北京市要求，技术交易当事人首先向北京市科学技术委员会批准设立的技术合同等级机构申请认定登记，申请认定登记的技术合同当事人，按物价部门核准的收费标准缴纳登记费和手续费。登记费按实现的技术合同成交额的0.1%缴纳；手续费则按每项每次30元缴纳。取得认定登记后再到税务局进行免税申请和等候审批，未取得认定登记的按规定缴纳营业税。
西安市的规定，发生技术合同交易业务后，开具统一的西安市技术贸易发票，并按规定缴纳开票金额5.5％的营业税及附加税，而后向合同认证登记机构申请认证登记，合同被认定为技术转让和技术开发合同的，再申请退税，被认定为技术咨询和技术服务合同的则不能退税。
武汉市的规定，技术交易当事人先将有关技术合同及交易发票、到款凭证、技术资料交所在地区区级技术合同登记站，区技术合同登记站收齐合同汇总后及时交武汉市科技局所属的武汉市技术市场管理办公室，由该办公室聘请数位不同领域的专家进行合同认定，经专家实质性认定后属于技术转让与技术开发的合同就可享受相应免税优惠，有关批件回单就退给区技术合同登记站再转交合同当事人（申请人）；未能通过专家认定的技术合同就不给予回复，即不能享受相应免税优惠。
二、技术创新营业税优惠政策存在的弊端
技术创新营业税优惠政策要求技术交易人，首先向合同认证机构申请并取得合同的技术性质认定，而后再向税务部门提出优惠申请。从目前各地实际运作情况看，该优惠政策执行起来普遍较为复杂、繁琐，并且可能产生一系列弊端。
1、税收成本高
税收成本指在税收征纳过程所发生的各项费用支出，具体包括税收的征收费用和奉行费用。
（1）税收征收费用指税务机关为征税而花费的行政管理费，即税务部门将税收收入从纳税人手中转到政府手中这个过程所发生的消耗。对于技术开发和技术转让的营业税优惠需要取得各级政府技术主管部门的技术市场管理机构出具的技术合同认定登记证明，而后再向主管税务机关提出申请并取得审核批准后方可免征营业税。这就要求为此专门建立技术合同的认定登记机构，同时还增加了税务部门的免税审批工作（目前已改为批件备案制），而由此产生的费用就属于税收征收费用，并且这些费用的产生并没有实现税收的入库。
（2）税收奉行费用，指纳税人按照税法的规定，在申报、缴纳税款过程中所支付的费用，具体包括办理税务登记、进行税务申报，提请有关审批的费用及时间耗费。而关于技术开发及技术转让的优惠政策中，涉及的繁琐的申报登记及审批手续所耗费的费用及人力、时间导致税收奉行费用的提高。高额的税收奉行费用是导致纳税人总体税负高于政府征收税款的重要因素。由此可见，该税收优惠政策既存在不少的税收征收成本又存在高额的税收奉行成本，而高额的税收成本直接导致了税收行政效率的低下，是不符合税收体制改革目标的。
2、不利于“加强技术创新、发展高科技、实现产业化”初衷的实现
该优惠政策的制定是为了鼓励科技创新，实现科技产业化，但是将技术合同分为四类，由有关机构进行认定登记的做法，复杂而又繁琐，未能被认定为技术开发和技术转让的技术合同通常要缴纳5％的营业税，在营业税税率中5%属于较高的税率。这个税率完全等同于金融保险业、服务业、转让无形资产、销售不动产5%营业税税率，同时又远高于交通运输业、建筑业、邮政电信业、文化体育业3%的营业税税率。较高的税率实际上可能已背离了国家鼓励科技创新，加速科技成果向现实生产力转化的初衷。也不利于鼓励科技创新目的的实现。其次，如果技术合同的认证发生了失误的话，合同执行者纳税成本就相当高了，合同执行者一方面要承担高昂的税收奉行成本，另一方面又要承担认证失误带来的高风险，这也不利于鼓励科技创新目的的实现。
3、容易孳生政务腐败
在这项优惠政策中，首先要得到所在地科学技术委员会批准设立的技术合同登记机构的认定登记，而后再到税务部门进行免税申请。在实际操作过程，在一些地方要取得该税收优惠必须取得两个行政单位的一致认定，但是两个机构互相推诿的情况时有发生，导致技术合同符合规定，但是要取得税收优惠有时又非常困难，或者不符合免税规定，但是通过打通人脉关系而获得免税批准的情况也可能存在。这些复杂的程序为相关机构或个人提供了足够的权力，从而诱发寻租空间，相应导致可能的政务腐败。
另外，一些地方规定由专家组对是否是技术合同进行实质性审查，虽然确实可以在技术层面对合同进行把关，但也由于程序过于复杂、审定时间较长、加之专家个人的职业判断的不同而对合同性质判断产生差异而影响合同当事人的权益和积极性。
4、对科技创新的渴望与税收流失的不安导致政策的相互矛盾
从国家近几年多次出台的有关技术类项目营业税优惠政策看，也明显地反映了国家对科技创新和加速科技成果向现实生产力转化的迫切渴望和期待，但另一方面也同时反映了税收征管部门对合理税收流失的揣测和不安。两者之者的博弈导致国家有关部门出台的政策有许多前后不一致，时紧时松、甚至相互矛盾的现象。
三、解决对策
针对以上弊端，建议国家对于技术合同的免税优惠政策实行简化处理，减少或者取消认证审批环节，采用“一刀切”的做法，即对所有的横向类技术项目合同都采用3％的低税率（或2%优惠税率），同时为了加强对技术合同的纳税管理，对所有的技术合同进行统一发票管理。
这样做具有以下优点：
第一，不需要对技术合同进行分类，或只进行非常简单的、税务部门有能力识别的分类，例如划分为自然科学领域和社会科学领域，这样不再需要专业的合同认证登记机构的参与，减少税收的征收成本，有利于提高税收的效率，符合“效率第一，兼顾公平”的税制原则。
第二，统一对横向技术项目合同按照较低的税率3％（或2%优惠税率）征收营业税，既可以减少税收的征收成本，同时也可以减少技术合同的执行者即纳税人的税收奉行成本，从而降低纳税人的实际税负，为实现国家“加强技术创新、发展高科技、实现产业化”的产业政策打下良好的基础。
第三，简明的税收优惠和简单的税收管理方法可以在一定程度上避免孳生腐败，有利于创建高效、廉洁、服务型政府新形象。税收审批中间环节的减少或者取消，将直接对整个社会的经济快速运行起积极的推动作用。
第四，对横向技术项目合同统一按照较低的税率3％（或2%优惠税率）征收营业税，可以一定程度增加国家税收，实现国家财政收入。对那些假借科技之名逃避国家税收的项目，也从根本杜绝了可能的税收漏洞和不必要的税收流失。
第五，有利于高校和科研院所更加积极地参与国家经济发展过程中的各类技术创新工作中去，探索建立产、学、研相结合的良性机制，加速科学技术向生产力的转化和国家科技产业化实施。为提高我国的科技竞争力和国家综合实力奠定必要的基础。
