一、分税制运行中出现的问题
(一)中央与地方事权划分不清。
多年来，政府与市场的职能一直没有界定清楚，政府包揽太多的状况始终没有改变，中央与地方的事权也划分不清。分税制改革的重点是划分收入，但中央与地方事权划分不清的问题并没有得到解决。
(二)收入划分不规范。
现行分税制在收入划分上既有按税种、税目划分，又有按行业、隶属关系划分。企业所得税按隶属关系分别划归中央和地方，导致地方政府为追逐税收利益而大搞重复建设，结果各地结构趋同现象严重；尤其重要的是，世界范围内的经济结构调整进入新一轮加速期，我国更是到了以结构调整推动经济发展的新阶段，十五届五中全会提出我国将把结构调整作为主线贯穿于整个“十五”甚至更长时期，但由于按隶属关系划分税种的现行体制，导致资产的流动会带来税收利益的转移，因而会受到被兼并、重组方所在地方政府或部门的阻挠，从而严重阻碍着资产重组，制约着结构调整。此外，中央与地方共享税采取收入分享制，税收分享只是给地方一定的财力，而税种、税率的确定权却在中央。这一方式尽管比较简单易行，但存在税收分享比例是“一刀切”的缺陷，且具有累退效应，因而不能区别各地方的财政能力，不利于达到缩小地区财力差别，实行资金再分配的目的。
(三)转移支付制度不完善。
转移支付制度是分税制的重要组成部分，规范化的分税制能够通过财政转移支付实现各地区有均等的提供公共产品的能力。由于我国分税制实行“基数返还(以1993年为基数)，超收分成”的政策，而1993年各地财政收入人为超常规的增长，致使以后年度财政收入增长速度大打折扣，从而使得税收返还数额占转移支付的比例非常高；尽管在1995年采取补救措施，推出“过渡时期转移支付办法”，无奈资金有限(1995年约为20亿元，1996年约为34亿元，但也仅占中央财政支出的0.5％左右，占转移支付支出总额的1.8％)，与实际转移支付需求相差悬殊，结果作用甚微。纵向转移支付的目标落空，横向财政资金的转移制度没有建立，这就大大弱化了财政应有的缩小地区间差距的功能。
(四)财政资金管理体制和机制不健全。
我们往往对税务部门重其取得收入多寡而忽视取得收入的成本，忽视对财政资金的追踪问效。于是，在收入上，征收成本高，效率低下；在支出上，资金上拨后即失去了监督，收入的接受者只有对资金使用的权利而不必承担相应的责任，结果财政资金支出的方向、结构失去了控制，大量的重复投入与无效投入并存，浪费严重。另外资金下拔环节较多，资金被截流、挤占、挪用现象严重，也极易滋生腐败。
财政资金管理体制和机制不健全还表现在转移支付资金上。我国现行转移支付形式除了专项补助外，其他都是无条件财政转移支付，中央政府对如何使用转移支付资金没有明确的规定，其使用权完全掌握在地方政府手中。这样，地方政府处于简单的收入接受者的地位，在资金的使用上往往不关心支出的方向；数量和效率，无效投入和浪费严重。同时中央政府也无法实现通过转移支付制度实施国家产业政策和调节地方政府支出行为的目的。
二、完善分税制的对策建议
(一)转变政府职能，在此基础上；明晰各级政府的事权，科学界定支出范围。
这一方面总的原则是首先确定事权，根据事权定支出，根据支出确定各级政府应得的收入。显然，事权的划分是最重要的，是财权划分的基础。只有事权与财权相一致、相适应，政府履行职能才有物质保证。而事权的划分与政府的职能紧密相联。因此，完善分税制，一是转变政府职能，明确政府与市场的职能。将那些政府部门不该管、管不了或管不好的微观经济活动及其相关事务，那些本来可由市场机制去解决的问题，逐步从财政的供给范围中剥离出去，并以此为依据重新界定国家财政的支出范围。二是从中央与地方政府的职能划分和公共产品的受益范围这两个层面，合理划分各级政府的事权，并把各级政府的事权用法律形式固定下来；然后根据财权与事权相统；的原则，确定各级政府的支出，当然，中央政府还应从自身做起，科学界定职能，不能包揽一切，无限扩大支出。要取消不应由地方政府负担的支出项目，合并各级政府间的重复支出项目，适当下放部分税权，最终把中央与地方政府的分配关系纳入法制化的轨道。这是分税制财政体制正常运行不可缺少的重要前提。
(二)完善税制，合理划分收人。
在收入的划分上，除了要考虑中央的宏观调控外，还应考虑满足地方政府行使职能的需要，更重要的是要有利于全国统一市场的形成，有利于生产要素的合理流动和资源的合理配置。因此，应在完善现行税制的基础上重新合理划分收入：统一内外资企业所得税，将其确定为分享税种，采用税源式分享或地方征收附加的方法；实现增值税由生产型向消费型的转变，扩大税基；调整消费税的征收范围。完善地方税收体系：改革农业税，完善个人所得税，适时开征环境保护税、遗产税、赠与税、社会保障税、城乡维护建设税等。在不违背统一税法的前提下，对不需要全国统一的、地方特征特别明显的一些地方税的税权下放地方。与此同时，还要稳妥推进税费改革，规范税费关系，把税收作为政府收入的主要来源；实现政府收入机制的规范化；依靠培植税源，加强征管，提高征收效率，实现收入的稳定增加。这样，中央和地方都将有较为稳定的财政收入来源来保证其履行职能的需要。
(三)实行以纵向转移支付为主、纵横交错的转移支付制度，加大向落后地区的资金转移力度，推进各地区协调发展。
从资金的流向看，转移支付主要有资金中央政府向地方政府、地方政府向中央政府问的纵向转移以及同级政府之间的相互横向转移。我国一向采取单一纵向转移支付，这种模式要均衡地区的公共服务能力，需要中央有强大的可支配财力。从我国现阶段阶情况看，难以做到这一点。因此，建立地区间的横向转移支付尤为必要和现实。要根据转移支付的公平与效率兼顾的原则，从制度层面上，设计一种计算各地应有的财政收入和合理的支出水平的办法并使其公式化，规定资金(包括技术)由发达地区向贫困地区转移的额度，通过横向转移来实现地区公共服务水平的均衡，以弥补单一纵向转移支付的不足。另外，要改变目前的税收返还办法，加大向落后地区的资金转移支付力度，使落后地区具备一种能够快速发展的能力，推进各地区的协调发展，进而实现综合国力的提高，达到共同富裕的目的。
(四)加强财政资金管理，提高地方财政的运行质量。
税收是财政收入的主要形式，负责税收征管的税务部门已从财政部门分离出去，财政部门的主要精力是抓好财政支出的管理工作。在分税制模式上，绝大部分收入集中在中央，而绝大部分支出下放到地方使用和管理；因而财政运行质量的提高主要在于提高地方财政的运行质量。因此，地方政府要加强对财政资金使用的管理和监督，控制支出的方向，优化支出结构。特别要明确转移支付资金的使用方向；确实将该部分资金用于有利于落后地区的综合发展能力提高的项目上，如人力资源的开发与利用等。其次，要完善上级财政部门对下级的财政监督机制，建立一整套财政支出效益的考核指标，逐步实现财政由供给型向效益型转变；在一定时期和条件下，控制支出总量，避免因财力拮据而使财政管理和监督流于形式；将财政监督置于法制化建设中，使财政监督变为一种以法制为基础的有效的监督。再次，规范政府收入分配机制。一方面要完善税制，加强征管，强调集中，纠正财力分散化的趋势，另一方面要对税外收费逐步清理、规范，该取消的坚决取消。率先实现中央一级政府收入机制的规范化，由此将“费改税”和“规范费”延伸到地方各级政府，从而在全国范围内逐步推开。
