大项工程阶段性审计，是指为确保重大工程建设项目优质廉洁高效，在工程实施的重点和关键环节，对一定数额以上的建设项目进行审计监督，并通过建设计划、招标投标、造价管理、资金经费等方面实施跟踪把关，发现倾向性、苗头性和突出性问题，促进工程建设经费更好优化配置。重点抓好以下几个环节：
一、建设计划审计
一是建设项目报批审计。要求被审计单位出具立项文件、工程设计任务书、工程建设年度计划等各项批准建设的依据性文件，查看资料是否齐备，核实各级机关审批计划批转时间前后是否矛盾等，是否存在越级提前审批计划的，并核实查明原因。二是建设规模控制审计。比对各级批转的设计任务书、初步设计、年度计划等文件，查看有无擅自调整、未批先建问题，重点核实建设项目是否按批准的计划执行，有无擅自改变项目、调整建设面积和标准等情形，并查明相关责任单位及人员。
二、招标投标审计
主要审查招标准备、开标评标是否符合国家和军队法规，是否做到公开、公平、公正。一是招标准备环节审计。在审查招标条件具备上，看招标方式是否经上级有关部门批准，有无在施工图设计尚未完成、招标条件尚不具备的情况下提前招标，造成实施过程中因设计变更过大，影响投资规模和施工进度质量的问题。在施工队伍的考察入围上，看其发布招标信息的渠道是否畅通，考察单位的选择是否合规，有无不按照规定进行考察打分，监督部门人员未参与等情形。二是标底编制环节审计。重点审查是否按规定编制了工程造价预算和标底，编制标底的单位和个人是否具有相应的资质，编制的标底是否与建设单位提供的招标文件、图纸答疑一致，是否控制在设计概算内。三是开标评标环节审计。在审查评标委员会评委的选取上，看是否按照规定从专家库中随机抽取，是否有抽取记录和相关人员监督。在审查投标单位的评标上，看评标委员会是否按规定的评标办法进行评标，对投标文件未响应招标文件的，是否按规定予以废标。在审查投标文件时，看是否存在报价异常一致、装订打印近似、所犯错误一致等疑点问题，需要时可进一步查找有无围标、串标等情况。在审查投标保证金收缴上，核实保证金是否从投标单位基本账户汇出，有无实际支付单位与投标单位不一致的现象。
三、造价管理审计
一是材料价格管理。审查采购价格是否合理，材料、设备等物资的验收、保管、使用是否有效。一方面要查看暂估价材料价格质量。由于一些工程材料价格在招标中以暂估价形式明确，在施工中才予以认价，就会造成招标时暂估材料价高，而实际使用材料价格低，但施工中不调价按照高价认定的情形。另一方面要查看进场材料的产品合格证、技术说明书、质量检验报告是否完整齐备，是否存在以劣充好、偷工减料等降低造价的情形。二是工程变更管理。主要检查工程变更的现场会议纪要、现场检查验收等环节执行情况，仔细复核工程变更的审批程序和签字手续，对有疑点的工程量，采取设计比对、实地测量等手段，进行认真审查核实，分析工程变更是否存在因设计或其他原因造成的损失浪费。尤其是隐蔽工程签证，要认真与施工图、隐蔽工程验收记录、施工日志和监理日志对照，发现签证与实际不符的，要坚决予以纠正，杜绝变更签证不合理、隐蔽工程不真实、鉴证手续不完整现象，坚决杜绝虚增工程量、虚列费用的“虚假签证”。三是零星工程管理。一方面，看合同或协议价格是否按施工图预算确定，计价方式是否清晰明确，避免出现计价方式模糊不清、结算方式存在歧义等问题；另一方面，看主材价格和工程量与实际施工的差距，可以通过单位造价进行估算，发现有疑问的可进一步查明原因。
四、资金经费审计
主要检查建设单位有无制订和实施严格的资金使用和管理方面的内控制度，是否严格执行专款专用的原则，有无截留、挪用、挤占资金情况；加强对已完工程量、预付比例、支付环节和审批手续等方面的监督力度，核实建设单位是否按合同、计划、预算、基建程序及工程进度计划拨款给施工单位，拨款程序是否合规，是否存在虚报已完工作量，多申请预付工程款现象。
