教育部、财政部在颁布的《贯彻落实<建立健全惩治和预防腐败体系>实施方法》、《关于进一步加强高校财务管理工作的若干意见》两个文件中规定：“继续深化高校财务管理体制改革，建立健全高校各级经济责任制，在高校探索建立总会计师制度，在高校内部推行和完善会计委派制。进一步深化改革，建立一套与现代大学制度和公共财政体制相适应的高校财务管理体制与运行机制。”改革是各项事业发展的动力，只有不断深化改革才能推动高校财务管理工作持续发展。
目前我国高校的财务管理环境已经发生了很大的变化。由于国家开始实行部门预算、国库集中收付、政府招标采购、收支两条线和新的政府收支分类改革等制度导致高校财务管理的外部环境发生较大变化。同时高校内部开始出现后勤社会化、母校与独立学院相分离、高校与校办企业脱钩、高校扩建校区并且密集筹资、因并校导致校区分散、高校筹资严重依赖非义务教育等情况导致高校财务管理的内部环境也发生了非常大的变化。
1.高校财务管理体制中的财权配置
1.1财权
财权指的是财务主体在财力方面所拥有的一组权利束，对财力的支配权是其核心。财权在《市场经济大词典》中的含义是：某个地区、单位和部门支配一定财力的权利。
1.2财权配置在高校财务管理体制中处于核心地位
对管理权限的合理划分是高校财务管理体制的关键环节。高校财务管理体制是国家预算管理体制的具体化，是组成教育管理体制的重要一部分，是对高校财务关系进行正确处理的一项重要制度，也是维持高校的各项经济活动正常运行的基础。高校财务管理体制的完善从根本来说就是对财务管理权限进行调整和再分配，同时也是对相关的利益关系进行划分和界定。
对财权进行合理划分和界定建立完善高校财务管理体制，经济责任制的建立必须保证权责明确，高校各项财务管理工作必须在校长、高校财务机构组织和领导下开展。
2.预算在高校财权配置中起到载体的作用
2.1在财权配置中高校预算发挥的作用
指挥棒作用。教育部、财政部在发布的《关于高校加强财务管理的几点意见》中有明确规定：“高校预算正式确定以后，应把它作为全校经济工作的指挥棒”。
主导作用。在意见中还规定：“应充分发挥预算在高校资源配置中的主导作用。将预算执行的具体责任分解到校内各单位、各部门。”可以说作为高校财务管理体制的核心，高校预算管理体制在财权配置中起着非常重要的作用。
2.2高校预算的定义中并未突出财权配置
学者对高校财务预算的定义主要表现为以下几种：
学者刁育敏认为：“高校根据其自身的年度任务和事业发展目标所编制的年度收支计划即为高校财务预算。高校预算作为国家预算的重要组成部分，也是高校经济命脉的中枢神经，为高校的财务工作提供了基本依据。”
学者于辉认为：“高校预算是指高校根据其年度任务和事业发展规划所编制的年度财务收支计划。也就是说，高校预算是高校规模大小和事业发展程度的财力保证，综合反映了高校事业发展的方向。”
学者林慧卿认为：“高校财务预算是指高校根据其各项年度任务和事业发展规划所编制的财务收支计划，综合反映了学校的经济状况，涵盖高校全部资金收支。因此做好高校的预算管理工作，对推进高校的稳定、协调和快速发展具有重要意义。”
中宣部理论局指出：“国民收入总量往往被经济学家们比喻成一块蛋糕，而收入分配则被比喻成切蛋糕。如何切割和分配蛋糕是个变量，切多切少、如何分配都需要很多因素。”实际上切蛋糕理论就是财权配置理论。
因此高校预算是高校在年度任务和事业发展规划的基础上结合高校财务实际情况的预算管理体制，利用财权配置对年度的财务收支计划进行编制，通过货币形式表现的高校在年度内需要完成的工作任务和事业规划，也是高校顺利开展组织收入和控制支出的基本依据，是高校财务工作的核心，能够准确地反映出高校相关的工作规划的方向和规模。高校预算正式确定以后，应指挥高校经济工作的运行。
2.3高校财权配置与预算
财权配置在实质上就是对高校财务资源进行优化配置，是高校办学质量和效益的保证。财权配置是通过预算来具体实施的，这决定了财权配置的重点是对预算功能的强化。高校预算是将其在年度内需要完成的各项任务和各项工作规划以货币的形式表现出来，是高校开展组织收入和控制各项支出的依据。因此预算能够整合规划高校的财务资源，在资金分配关系上对高校内部各学院、部门进行协调处理，有效配置有限的资源。
3.强化预算功能和财权配置
3.1预算人员的数量和素质要得到保证，因为只有这样才能把高校预算的工作做好并充分发挥其功能。决策者和预算编制人员必须对学校近几年的发展规划、现有的资源情况有一个清晰的了解才能够预算编制更准确和贴近实际。
3.2高校的预算收入要做全做细，包括以前年度的结转和结余和基建支出收入等经费收入都要纳入到预算中去，对各学院、各部门的各类学费、住宿费以及图书折扣费、固定资产出租出售等合法收取的收入要给予重点关注。高校编制预算收入时要实事求是，对创收进行认真测算，使高校预算收入的编制真实、清晰。
3.3建立新的预算分配机制。目前上级财务主管部门对财务资源的分配不够合理，因此上级财务主管部门对专项资金在支出结构和使用效益方面的问题应引起充分重视，在制定经费分配方案前，加强与各高校的沟通协商。高校在编制预算时要与各学院、部门沟通协商，以其创收收入作为年度预算的配套。各学院、部门应结合实际情况对配套资金进行管理，配套的多少根据收入金额扣除各项费用后来确定，多得多配，少得少配。这样能够有效缓解高校的资金紧张状况，也避免了各学院、部门经费闲置的情形。
3.4对高校财权配置的监督考核仍需要进一步完善。高校预算在编制和审议过程中离不开专家的参与，否则仅凭主观臆断无法保证高校预算编制的科学、合理。此外高校预算的编制也离不开群众的参与，否则就无法保证高校预算工作的精细化和博采众长。教育部指出：“高校财务管理体制需要继续深化改革，进一步建立健全各级经济责任制，推动高校财务收支预决算情况向教职工代表大会报告并对与群众经济利益的有关财务事项依法全面公开。”
高校的预算方案编制无论多好，但如果不能严格的遵照执行都无法发挥作用。因此高校应加强预算的执行力度，不得随意更改预算、突破预算，保证高校预算能够真正发挥应有的效果。在这方面美国做得比较好，美国高校的预算编制要经过严格的程序，层层审查论证、完善，并报州长批准，经过州长批准的预算高校必须严格遵守执行。为了保证预算能够得到严格控制执行，高校专设预算控制部门，并在各单位也设置预算员管理本部门的预算执行情况，保证各单位的预算不被突破。
