基建工程财务审计既是强化审计和经济监督的一种具体体现，也是重点搞好投资效益审计的一种具体方法。随着市场经济的进一步发展，工程项目投资主体的日趋多元化及利益格局的多样化，都迫切需要开展好工程项目财务审计。下面就政府审计中对基建工程财务审计关注的重点予以阐述：
一、确定重要性水平和风险评估：
（一）确定重要性水平：
（二）风险评估：按照《审计署审计质量控制100条进行》
二、检查与控制的目标：
对已开工项目的四制（项目法人制、招投标制、工程监理制、合同管理制）进行检查；对财务财务管理进行检查，包括各参建单位的合同执行情况和执行财务管理规定以及防止由于损失浪费而导致的投资增加，并分析产生问题的原因，寻找薄弱环节，提出改进意见和建议，完善各项制度。对完工项目工程量作为重点审查对象。
三、检查重点：
（一）项目检查：
1.项目法人制理建设与实施情况的检查。检查项目法人在项目实施过程中是否存在未严格遵守国家有关法律法规规定的有关建设程序和规划、环保、储蓄、劳动、安全、消防、建筑等的法律法规，检查行政许可手续是否齐备，检查是否遵循建筑质量体系，是否存在擅自（如履行程序就合法了）提高或降低工程建设标准，改变建设内容，扩大或缩小投资规模的行为，是否存在转移、挪用工程建设资金的问题。
2.招投标情况的检查。
3.合同管理情况的检查。
检查合同约定是否严谨，是否存在因合同约定不合理而造成投资增加的情况；合同范本以外特殊的方面有没有因合同约定不合理或不严谨的情况造成问题；检查合同中对土方如何约定；检查合同执行中业主对施工条件的约定是否合理；检查合同执行条款是否存在不严谨或相互矛盾的情况；检查合同是否得到严格执行，是否存在违反合同约定对施工方非法补偿的情况；察看索赔和补偿的相关资料，分析索赔和补偿的合理性，检查是否存在合同与约定不与补偿的项目，业主违规予以补偿，是否存在应由施工单位承担的风险，业主考虑其承受能力给与补偿的，是否存在将包含的投资包干项目议定补偿，是否存在将总价投资包干的临时工程项目议定补偿，是否存在投资变更项目的决策增加给施工方给与补偿。
检查是否存在违反《招投标法》法律规定调整原合同约定或增加补充协议、补偿协议，对施工单位给与额外补偿与奖励的。
检查总价合同的合理性。
4.违法转包、分包情况的检查。查看施工单位财务资料，是否签订了合同协议，根据资金流向和核算方式来判定是否存在有无非法以借劳务合作之名，借劳务分包进行分包之实，转包、转分包行为中有无分包超过国家规定的比例，是否存在再一次分包、转包，是否存在业主指定转包分包的行为，关注违规转分包中利益分配并因此造成工程质量问题，有无存在其他利益分配，支付给个人的行为。
5.监理情况的检查。
检查监理单位基本情况：包括监理的资质，检查监理人员配置情况；检查监理工作情况：是否按照进度规划进行监理工作，现场监理是否履行了其职责，监理日志记录是否齐全，记录内容是否符合要求；检查监理对于工程量的计量是否严格；检查监理对工程资料的签证是否严谨，变更理由是否充分，签证的程序是否合规，资料是否齐全，变更单价是否合理。
6、设计单位和设计变更情况的检查。检查设计图纸的质量是否符合项目的要求，是否因涉及的原因造成工期延误，包括图纸的提供是否及时；检查设计单位是否及时对概算调整情况进行了计划；检查设计单位是否按照合同的约定对现场派驻设计人员，现场的设计变更是否严谨，检查设计变更的必要性是否符合规定，是否符合规定的程序，现场服务是否及时到位。
7、奖励情况的检查。奖励理由是否充分真实，依据是否合理，是否符合合同的规定，是否达到了合同规定的考核指标，是否超过合同的限额发放奖金，重复发放奖金，只奖不罚；是否存在业主单位搭车发放奖金。
8、甲方供应材料管理情况的检查。
（二）财务检查
1.财务管理情况的检查；2.各建设单位资金支付情况的检查；3.施工单位会计核算情况检查。
检查各标段会计报表、账户、会计凭证重点关注以下事项：（1）核对施工单位收到的工程款是否与建设单位支付的工程款一致；（2）检查进度款、进度款是否用到该项工程上，有无挪用项目资金问题；（3）检查施工单位费用报销凭证，是否存在明示馈赠设计、监理、建设单位的费用；（4）检查施工单位是否存在转包、分包的情况；（5）检查施工单位现金日记账、大额现金支出情况，关注大额现金的真实用途，是否存在大量的白条抵现的情况；是否存在现金日记账保持大量余额并一次转账的情况；（6）是否存在建设单位人员与个人向施工单位推荐材料，分包工程，提供咨询服务，超越权限，推荐产品或供货商；（7）是否存在白条、不合规发票的列入成本费用，虚增成本；关注项目利润率是否在合理的范围，有无项目利润率过高（成本利润减少，虚报工程量）或过低（虚拟成本，套取现金）的问题。
综上，基本建设审计的有效控制，既要讲原则，按法律、法规办事，又要实事求是，做到既合法又合情理。加强竣工结算审计是监督基本建设活动的一项非常重要的程序，这对节约工程建设成本，提高经济效益起到一定的作用。
