一、总分机构现状及问题分析
根据对实行汇总纳税制度两年来的征管情况进行了的调查，发现跨地区经营企业所得税汇总缴纳还存在以下问题：
1.税源与税款背离现象突出。分支机构在当地进行生产经营活动，占用当地公共资源，属于生产经营地税源，但是在纳税时根据《分配表》由总机构分配税款，形成了税源与税款相背离现象。由于税款与税源地不一致，在一定程度上会影响或左右企业对《分配表》的确定，从而带来税务机关和企业之间、各地税务机关之间、地方政府之间的各种矛盾。虽然国税总局确定了“三因素（销售收入、工资总额和资产总额）”法分配方式解决此类现象，但是“三因素”法并不能反映企业的盈利情况，与企业所得税多盈利多缴税、亏损不缴税的原则相矛盾，尚不能从根本上解决税源与税款相背离现象。
2.信息共享机制尚未建立。总分机构最大的特点就是跨地区经营，所得税汇缴地与实际生产经营地不一致。对于企业来说，能够通过内部信息系统了解分支机构经营情况，但在没有信息共享机制下总机构主管税务机关想要了解分支机构所在地经营情况却是比较困难的。目前各级税务机关尚未建立健全总分机构信息共享机制，产生了总机构主管税务机关无法了解分支机构经营情况、分支机构所在地主管税务机关无法收集总机构生产经营和税收相关信息等问题。特别是企业申请享受减免税、抵免税和税前扣除等税收优惠政策时，总机构主管税务机关很难对其进行全面核查，易造成国家税款流失。
3.税务机关征管水平较低。从目前情况看，税务机关对于总分机构的管理水平较低，没有形成统一规范的管理机制。一是申报征收率较低。有相当一部分分支机构没有纳入总分机构管理，对于没有提供《分配表》的分支机构税务机关往往不去催报或是任其自行申报预缴，疏于管理；二是挂靠分支机构管理问题。目前存在挂靠的建安企业按照二级分支机构进行纳税管理，造成税款流失。三是汇总申报审核制度执行不严。对涉及跨地区分支机构申报表的审核，由于总分机构主管税务机关之间没有建立一套完善的信息交流机制，使把关审核操作没有明确的依据，对不按时反馈和不反馈汇总纳税分支机构分配表，税务机关也未按规定予以处理。
二、完善汇总纳税制度措施和建议
汇总纳税制度的实施有利于企业做大做强，提高企业的竞争力和抵御风险的能力，必然是长久坚持的一条税收制度。从税务机关看，建立健全信息共享制度，纳税管理由点到线成为今后发展趋势。
1.解决税收与税源背离问题。我国目前分析税收与税源背离的“三因素”法主要来自于美国，但美国各州并不都采用此法，或是三因素分配比例各异。因此，我国应该综合考虑各行业的利润水平和纳税能力，放弃三因素法分配系数“一刀切”的模式，根据不同行业经营情况建立动态的分配系数。同时，应建立总局或是国务院层面的税收协调机制，协调各地因总分机构纳税与税款分配中产生的矛盾。
2.建立信息化平台，共享税收信息。提高汇总纳税企业所得税监管质量和效率，需要信息化支持。一是加强信息交换。开发和扩充总局CTAIS（中国税收征管信息系统）系统企业所得税管理功能，将汇总纳税企业总机构和分支机构纳税申报后的相关信息进行交换，提高信息交换反馈的及时性、真实性，对于没有运行CTAIS系统的地税部门，开发与之相适应的总分机构信息交换系统；二是提升纳税评估水平。开发符合汇总纳税企业所得税管理的纳税评估软件，建立评估模型，实现企业所得税、会计报表相关数据与销售额或营业额间的相关性比对、分析功能，加大评估力度，促进日常管理。
3.加强税务机关征管水平。一是严格判定分支机构，明确总分机构法律责任。严格按照总局《管理办法》及其配套文件规定判定分支机构资格，对于不符合分支机构条件的企业部门，税务部门将其列为独立纳税人进行管理；对外地分支机构，符合条件的要督促企业向当地税务部门及时提供《分配表》。税务部门要向总分机构明确申报的法律责任，如果发现虚假分支机构或虚假申报，不仅追究分支机构责任，更要追究总机构的法律责任；二是建立规范的属地监管机制。（1）坚持属地征管原则。理顺汇总纳税企业所在地和分级机构所在地税务部门的征管关系，在全省乃至全国范围内实现管理、信息交换、就地预交税款“三统一”，加强汇总纳税的征管制度建设；（2）完善就地预交制度。可以尝试企业分支机构应就其当年收入的一定比例在当地预交税款，年终按照总机构《分配表》数据进行汇算清缴的方法，不仅简化了企业纳税程序，而且保证了分支机构所在地的利益；三是建立新的税收工作考核机制。目前，各级税务机关仍然以征税额作为业绩考核指标，导致总分机构管理中出现轻管理、重稽查，轻内容审核、重逻辑审核的现象，甚至出现了对成员企业的监管工作的倦怠情绪。新的考核机制不但看税收任务，还要看征收质量、对成员企业的管理情况。只有实行以综合管理质量为中心的考核机制，才能使各级税务机关从“唯收入论”的枷锁中解脱出来。
