一、行政事业单位单位内部审计普遍存在的主要问题
1.对内部审计认识不足
国库集中支付制度在行政事业单位全面推行，实行了政府采购、公务卡结算制度管理、收支两条线管理等，一些行政事业单位领导认为，国库支付系统网络实时监控和政府审计的监督就足够了，单位的内部审计没有必要。由于一些领导对内部审计的认识不足，大部分行政事业单位无内部审计机构或者缺乏独立的内部审计机构，导致内部审计工作缺乏或者由财务部门、纪检部门来负责，审计工作无法开展或者形同虚设，甚至一些单位根本没有专业的审计人员，多数是由财务人员兼任。
一些单位领导对内部审计工作的重要性认识不足，虽然设置了内部审计机构，但没有把该项工作纳入行政事业单位工作的中心位置，导致一些领导、部门或业务经办人员对审计工作不配合，有偏见，认为审计谁就是和谁过不去，百般阻挠审计，致使内部审计工作难以开展，审计人员也被边缘化，严重影响内部审计工作的开展。
2.内部审计机构设置和人员配备不规范，缺乏独立性
独立性是审计的本质特征，也是审计区别于其他管理活动的独特之处，表现在组织机构、业务工作和人员等方面的独立。行政事业单位的内部审计也不例外，但相对于国家审计、社会审计，内部审计的独立性确实很低。一部分行政事业单位虽然按国家相关规定设立了内部审计机构，但往往只是形式，迫于压力，为了完成上级的政治任务，应付上级部门的检查，审计工作没有真正展开。一部分是内部审计机构设置了，但人员配备不规范，没有专职和专业的审计人员，往往由财务人员、纪检部门人员兼任；另外一部分是内部审计机构设置不规范，内部审计机构挂靠于纪检部门，甚至是财务部门。内部审计机构设置和人员与其他部门和人员相互交叉，开展审计业务，独立性根本无从谈起。
3.内部审计人员业务素质和职业道德水平参差不齐
目前，行政事业单位内部审计人员业务素质普遍偏低，大部分是从财会人员中抽调过来的，虽然会计知识丰富，但在审计方面，审计系统的专业知识欠缺；有的内审人员在职业道德方面欠缺，缺乏责任心、怕得罪人、怕打击报复，得过且过，有的甚至徇私舞弊或者迫于领导压力，出具与事实不符的审计结论；有的业务知识不足、知识更新滞后、知识结构单一，导致审计人员的综合素质难以提升。
二、行政事业单位内部审计工作改进措施
1.广泛宣传内部审计的重要性，提高认识
行政事业单位的内部审计是独立监督和评价单位内部各项财务收支、经济活动的真实性、合法性和效益性的专门组织。政府相关部门通过各种媒体加大宣传力度，行政和业务主管部门组织全员学习、领导培训，再通过政府手段行政发文、政府审计、财政监督等方法来提高对内部审计的认识，只有认识提高了，观念转变了，单位内部审计机构的设置和专职审计人员的配备才能规范化，审计工作才能顺利开展，更好地发挥内部审计保驾护航的作用。
内部审计是单位内部实施的监督，是建立在组织内部的审计机构，从属于本单位领导，为本组织服务。内部审计的目的是在于协作组织有效实现目标，改进工作程序，实现增值。内部审计独立开展工作依法检查会计账目及相关资产，监督财政收支及财务收支真实、合法、效益的活动，是一个组织整个管理体系中不可或缺的特殊环节，内部审计的特殊地位是其他部门所不能取代的。
2.规范内部审计机构设置及人员配备，提高独立性
组织机构的独立是审计工作独立性的保障。在形式上，组织机构的独立表现为审计应独立于被审计单位或者部门之外，内部审计机构的独立性强调要与单位内部其他职能部门要相对独立，要与财务、纪检、监察部门分开设置，部门之间不能有行政隶属关系。内部审计人员的配备，必须是国家审计专业技术资格考试通过的人员，必须是专职，不得兼任，只有组织机构和人员保持了独立，才能对被审查事项作出正确评价和鉴定。内部审计机构是在本单位主要负责人的直接领导下，独立行使本?挝坏哪诓可蠹乒ぷ鳎?对本单位主要领导负责并报告工作。
3.加强提升内部审计人员综合素质
内部审计工作专业性、政策性强，业务方面要求具备审计、会计、经济、法律、工程项目等方面的知识，精通所承担的审计工作。在职业道德方面，遵纪守法，履行职责时做到不损害集体利益、保持廉洁、公正客观、有较强的人际交往技能并妥善处理好单位内外的关系，谨慎合理的做出职业判断等。政府审计部门应加强对行政事业单位内部审计人员的业务指导及定期开展继续教育制度。单位内部应建立审计人员培训制度，审计人员随时掌握和更新履行其职责应具备的知识、技能，并不断提高熟练程度及职业道德，更好地服务于组织，提升内部审计的质量和效率。
总之，尽管目前行政事业单位内部审计工作存在诸多问题，只要内部审计机构设置和人员配备规范了，领导真正重视了，审计人员素质提高了，内部审计才能充分发挥其监督、控制和服务的作用，才能促进行政事业单位合法运营、促进内部控制建设、提高效益，促进行政事业单位的健康发展。
