内部审计在一个单位中起着重要的作用，可以促使相关人员遵守财经法规和财务制度，预防经济犯罪发生和防止财务出现漏洞，起着经济监督和经济评价的职能。
一、事业单位内部审计的重要作用
内部审计是审计监督体系中的一个重要的组成部分，它是一种独立、客观的保证和咨询活动，可以保障事业单位及其内部各单位健康运作，并且使各部门各单位运作完全符合事业单位的目标及发展战略，更好的实现事业单位价值最大化。内部审计的主要职能是通过对事业单位各项资金和资产、收支及其收支结果进行审计、监督，确认预算资金的集中分配使用是否合理，各项收支是否真实、可靠。
事业单位内部审计工作还可以为本单位领导决策提供意见。事业单位可以利用自己的资源优势，自行组织收入，要受到外界市场经济的影响，因此事业单位内部审计工作具有风险预警器作用，内部审计机构和人员通过对事业单位内部控制制度完善程度的测试，及时发现事业单位在经营活动中存在的经营风险和财务风险，能够让经营管理者及时采取有效措施，规避各种风险。
总之，事业单位内部审计工作是促进事业单位建立健全内部约束机制，维护国家的财经法规和事业单位规章制度贯彻落实的必要保证。
二、事业单位内部审计工作中存在的问题
1、对内部审计工作认识不足，内部审计机构设置不到位。目前大多数行政事业单位内审机构设置不是附属于办公室、纪委，就是附属于监察部门、会计部门或会计部门合署办公。甚至有些内部审计人员由会计或其他人兼任。以某高校为例他们的内部审计机构的工作人员均有校内财会人员组成，这种状况导致了内部审计机构和人员受各方面利益牵制，难以开展独立的经济监督活动。究其原因主要还是事业单位的领导对于内审的职能和作用认识存在误区，认为内部审计部门的设立只是为了应付上级检查而设置的，甚至于将内部审计等同于纪检监察。
2、内部审计的权威性、独立性和有效性得不到保障。内部审计工作的性质特征决定其领导愈高、内部审计的权威性、独立性、有效性愈有保障。就说上例中的某高校，其审计部门的领导就是财会部门的负责人，导致内部审计的结果处理、审计建议不敢提出、落实不到实处，内审的工作流于形式。
3、内部审计人员的素质不能适应内审的要求。内部审计是一项专业性很强的工作，按照国际内部审计师协会的要求，内部审计人员不仅要通晓财经知识、审计理论、法律、税收、金融、统计等知识，还必须熟练掌握信息技术和外语知识，具有较强的综合分析能力及文字表达能力。上述高校中的内审人员都是专业的会计人员，通晓财经、税收知识了，但是对于审计工作缺少必要的知识和经验，对审计工作不能胜任。
4.内部审计工作内容缺乏更新。随着社会主义市场经济的不断发展，事业单位体制改革的延续，其内部审计工作的内容也应该给予充分的革新以便适应新形势的要求，但是就目前来看，大多数事业单位内部审计的工作内容依然以对财政收支的审计为主，缺乏对内部审计工作内容的相应拓展。有资料显示上述高校的内审工作还仅仅是限制于财政拨款的审计，对于其他方面的业务鲜少审计。
三、事业单位内部审计的防范及控制措施
1.建立健全内部审计的规章和制度。事业单位在开展内部审计工作时，除了根据国家的审计法律法规外，还可以针对本单位业务特点建立适合本单位的内部审计规章制度。以此作为在本单位中开展各项内部审计工作及实现内部审计工作法制化、制度化、规范化的最有效的保障。例如上述高校可以建立校级的审计规章和制度，规定好内审的范围、时间，并同本校的绩效考核充分的结合。
2.建立健全独立的内审机构，提高对内部审计工作的认识。上诉高校可以建立单独的院领导直接负责的内部审计机构，脱离与财务部门的联系，并且将内审机构的工作、经费单独走程序，脱离财务，防止一切影响内审独立性的因素。
3.建立激励与约束机制，提高审计效率。对内审机构的人员要实行激励与约束机制的有机结合，审出问题给予激励，对于可能存在的问题要适当约束。另外对事业单位内部审计没有任何问题的部门也要给予激励，对出现问题的部门要追究责任，这样双向的激励与约束利于内审的长期实行。
4.加强人才培养，探索审计人员选拔模式，不断提升审计人员素质。审计人员的专业胜任能力直接关系到审计工作的质量，也影响到审计耗用的时间和财力。可以从高校中招聘一些审计实习人员，让他们在实习中初步了解内审所需要的知识结构和能力水平，再回到校园中继续充电，为以后的工作奠定良好基础；也可以对已经在岗的内审人员不定期?M行继续教育，不断补充和更新知识，增强审计人员的工作能力和知识水平。
相信通过以上几个方面的综合提升，内审人员的素质和能力会有很大的提高，内审的范围和效率也会相应的有所提高。
